对于威尼斯当局而言，其设立犹太隔都纯粹是出于经济利益的考虑，并非如罗马那样是出于宗教目的———教皇希望借此方式迫使在隔都生活的犹太人最终改信基督教。因此，当犹太人被迫住进隔都以后，威尼斯当局不但未对其实施任何教化行为，反而在宗教生活方面给予了犹太人更多的权利和自由。同样是因为经济原因，威尼斯当局虽然并不愿意在其城市出现合法的、永久性的犹太社团，但也不愿意采取彻底的驱逐政策。

　　15 世纪在威尼斯生活的犹太人包括医生、商人、文人和朝圣者。虽然他们被允许在威尼斯居住 (有时间限制)，但却不能公开进行犹太教活动。由于犹太人被禁止在威尼斯拥有房产，他们便将租住的基督徒的房屋变成了犹太会堂，而这在城市当局看来是对基督教信仰的巨大侮辱。为了根除此类现象，威尼斯当局于1408 年5 月5 日颁布法令，宣称自此以后任何犹太人若在租住房里建犹太会堂或做礼拜，那么基督徒房东和犹太房客都将被处以 1 年监禁以及1000 里拉的罚款; 其他所有在此做礼拜的犹太人也将被处以6 个月监禁和300 里拉的罚款。1426 年该法令被再次认定，并得到大议会的批准，此后一直沿用到 1464 年。

　　自 1464 年开始，威尼斯犹太人的宗教环境稍微有所改善。促使威尼斯当局更改先前法令的原因，一方面是已经和即将在威尼斯生活的犹太人不断向城市当局申诉，另一方面则是时任教皇庇护二世 (Pope Pius II，1458 -1464 年在位) 允许犹太人做礼拜，而任何禁止他们这样做的人都将面临被逐出教会的危险。为了荣耀上帝，新法令规定，已经和即将在威尼斯生活的犹太人，可以在他们租住的房屋内、按照他们自己的律法诵读经文、唱赞美诗和祝祷词，但是参与的人数不能超过 10人 (按照犹太律法，这是诵读某些祈祷词和摩西五经的最低法定人数)。

　　当 1509 年威尼斯与康布雷同盟之间的战争爆发后，大约有 500 名犹太人逃入威尼斯。随着其人数的增加，犹太难民们希望当局能允许他们集中在一起庆祝犹太节日，当局的回应虽然迅速但却只是同意他们分散在不同的地方做礼拜。事实上，威尼斯当局并不乐见在其城中出现犹太会堂，即便是已经准许犹太人在威尼斯居住，准许其从事借贷业和旧货业后也是如此。甚至在 1516 年建立隔都的法令中仍坚称，若让犹太会堂遍布威尼斯且任由基督徒进入的话，这将只会令共和国蒙羞。为此，当局严令禁止犹太人在城中任何地方，包括隔都内建立犹太会堂，违者将罚款 500 里拉; 但允许他们在梅斯特拥有犹太会堂，如同在1509 年战争爆发之前一样。1528 年9 月，犹太人在向当局提交的特许状议案中首次明确提到了建立犹太会堂的问题，最终在十人议会获得通过。由此，犹太人拥有了建立犹太会堂的权利，他们可以按照自己的礼仪和风俗在威尼斯生活。随后，在 1548 年特许状的第 16 条又专门提到，犹太人可以根据其习俗拥有会堂，这一规定在此后的特许状中被反复提及。到目前为止，可以确定的最早的一个犹太会堂始于 1532 年。新隔都主要为德裔犹太人而建，他们享有的宗教自由和权利在每5年一签的特许状中有着详细而明确的规定。威尼斯的第二座隔都建于 1541 年，但利凡特的犹太商人直到 1589 年才获得类似德裔犹太人的特许状。

　　1589 年特许状实际上是以罗德里格当年递交的议案为模板。该议案的第二段涉及宗教自由问题: 犹太商人和他们的家眷将享有宗教信仰自由，他们将拥有遵从自己的习俗和戒律的权利，可以按照摩西律法和犹太传统在共和国的任何地方保有犹太会堂。根据已有的资料看，旧隔都内可以确定的犹太会堂总共有 5 个。此外，该议案还提到，作为一名犹太人，他们的生命和财产安全应该得到保障，任何官员或机构，无论是教会的还是世俗的，都不能以宗教原因干扰他们。这些提议被当局认为是 “合理的”，并最终成为 1589 年特许状的重要内容之一。1589 年特许状所针对的是利凡特和西班牙裔的犹太人。在该法案的前言部分，威尼斯当局起初采用的是 “来自利凡特、西班牙和其他地区的犹太商人”，随后改为 “利凡特和西方的犹太商人”。虽然实质意思并无改变，因为当时人都清楚 “西方犹太人”的确切含义———改宗基督教后又秘密信仰犹太教的犹太人，然而，威尼斯当局显然更愿意接受“西方的”这种中性词，而非西班牙或葡萄牙的犹太人、新基督徒、马拉诺人 (Marrano)这种有着明确宗教和民族内涵的称谓。事实上，马拉诺人问题困扰威尼斯已有近一个世纪。早在 1497 年 11 月，元老院就通过相关法案，由于“马拉诺人是没有信仰的异端，他们敌视上帝”，因此所有从西班牙或其他地方来到威尼斯或威尼斯治下的马拉诺人，都必须在接下来的两个月内离开。同时他们不能从事商业或任何其他业务，无论是他们自己还是代表别人，违者将罚没所有货物。

　　同样，任何与马拉诺人有贸易往来的威尼斯臣民也将失去所有财产。这一政策沿用经年，直到 1547 年威尼斯当局的态度才发生重大转变。基于马拉诺人在东西方贸易中的重要地位，以及这一时期教皇政策的变化，威尼斯当局开始容忍马拉诺人，只要他们一到威尼斯就住进隔都，并且遵守强加给犹太人的所有限制。1550 年在西班牙国王查理五世的威压之下，威尼斯又一次颁布驱逐马拉诺人的法案，但最终只是虚惊一场。1573年，威尼斯总督莫西尼戈以个人名义发布了 “安全通行法”: 在未来两年，任何希望到威尼斯居住的西班牙和葡萄牙的犹太人、所有生活在西方以及基督教治下拥有犹太血统的人，只要他们一直按犹太人的方式住在隔都且戴上专门的黄色头巾，在宗教问题上不引起任何丑闻，那么他们就绝不会因过去犯下的叛教、欺骗或信仰方面的其他罪行而被调查、指控、惩罚或任何形式的骚扰。同时他们本人以及其随从、家眷和财产都能得到全面的安全保障。需要注意的是，虽然该法案因未得到元老院的批准而从未被正式颁发，但它却直接影响了随后威尼斯当局对马拉诺人的态度，即从最早的驱逐、反对转向同情。

　　对于那些已经和他们的基督教过去彻底决裂，住在隔都且完全按犹太人方式生活的马拉诺人，威尼斯当局已不再继续反对。但是，直到 1589 年，威尼斯当局才真正以法律形式保障了马拉诺人的宗教信仰自由。1589 年特许状是威尼斯宗教政策改革的一个重要标志。它不但让马拉诺人获得了长期在威尼斯居住和贸易的特权，而且还被允许恢复犹太教信仰以及公开像犹太人那样生活，甚至还保证绝不追究他们之前的宗教行为。这一政策遭到了罗马教会的强烈抗议，双方为此冲突不断，但却未在根本上改变威尼斯对犹太人，尤其是对马拉诺人的宗教宽容态度。由于 “威尼斯是一个没有宗教法庭的自由城市”，威尼斯成了马拉诺人在意大利的理想避难所。